Entre los autocontaminantes podemos hacer referencia a aquellos generados por reacción de G y A con los contaminantes externos (hierro disuelto de corrosión con H2S para formar sulfuro de hierro coloidal) y otros contaminantes de degradación propia de los G y A en proceso (oxidación, alteración térmica).
En circuitos de glicoles y aminas (G y A) están presentes contaminantes externos (que ingresan con el gas en forma permanente a la PTG) y autocontaminantes (generados por el propio sistema).